La cofradía comenzó sus primeros pasos en el año 1987. Fue D. Antonio Navarro, párroco de Motilla, movido por una especial devoción a esta imagen, el que decidió traerla a Motilla. La fundadora de la cofradía fue Dominga Serrano Donate que junto a otras 18 personas desfilaron el primer año. Este año se instauró la procesión del Martes Santo, en la cual la imagen del Cristo de Medinaceli es la figura principal.
En 1988 se formó la banda con cinco tambores y al año siguiente se incorporaron las trompetas. Hoy en día la banda consta de 60 miembros.
En la actualidad la cofradía la componen 230 personas , las cuales procesionan unas como costaleros otras acompañan a la imagen con velas y otras forman la banda y el resto simplemente colaboran con sus cuotas..